Molekylär farmakognosi

kemisk rymdkarta anpassad för forskning om naturprodukter

Beskrivning

Det slutliga målet för forskningen inom "urvalsmetoder" kommer att vara att smälta kartorna för att navigera i evolutionära rymden - fylogenier - och de för att navigera i naturliga produkter kemiska rymden - kemografi - för att bevisa en fast grund för urvalsprocessen i arbetet med naturproduktskemi.

Filogenier, hypoteser om evolutionära relationer, har under de senaste 20 åren framträtt som ett av de kraftfulla begreppen någonsin inom livsvetenskaperna, med avseende på deras förklarande kraft.

En av de största fördelarna med fylogenier jämfört med de äldre synoptiska arrangemangen är att det också möjliggör ett förutsägbart perspektiv. Detta alternativ har sitt ursprung i själva fylogenys egenskaper - eftersom de observerade grupperingarna bildas av delade, härledda, karaktärer som tillåter sig att tolkas från trädet.

Även om den överväldigande majoriteten av de fylogenetiska hypoteserna som föreslås idag har sin bas i molekylära data såsom stora sträckor av nukleotidsekvensdata, kan praktiskt taget alla typer av hierarkiskt strukturerade data användas - såsom t.ex. biosyntesscheman, kemografiska eller till och med ekologiska data.

2001 föreslog Oprea och Gottfries termen kemografi, i likhet med geografi, som konsten att navigera i kemiska rymden. Begreppet kemiskt rymd används ofta i stället för flerdimensionellt deskriptorutrymme. Navigation i kemiskt rymd kan jämföras med att göra en verklig rymdresa, men utan en raket. I kemiska rymden utgör stjärnor och planeter av kemiska föreningar placerade baserat på deras egenskaper, där liknande föreningar grupperas tillsammans.

Vi har därför utvecklat en utvidgad kemisk rymdkarta anpassad för forskning om naturprodukter - http://chemgps.bmc.uu.se. De kemiska föreningarna i naturen är mycket olika och många gånger extremt komplexa och skiljer sig från "normala" läkemedelsliknande föreningar. Därför kommer ChemGPS-NP att ha kärnstrukturer med fokus på naturliga produkter och ännu mer extrema satelliter än den ursprungliga ChemGPS. Detta för att säkerställa att de naturliga produkterna som studeras inte hamnar som utskott när de förutses med modellen. Dessa är några aspekter av vad vi försöker utforska och använda i urvalet av studieobjekt på jakt efter bioaktiva föreningar, deras ursprung, utveckling och distribution.

Senast uppdaterad:

FÖLJ UPPSALA UNIVERSITET PÅ

facebook
instagram
twitter
youtube
linkedin