Cellbiologi

Min pågående forskning och framtidsplaner omfattar både metodutveckling för att ge bättre verktyg för att undersöka cellbiologi och tillämpning av dessa nya metoder i grundforskning och för förbättrad diagnostik av t.ex. cancer och infektionssjukdomar. Sedan utvecklingen av in situ proximitets ligerings analysmetoden (in situ PLA) (Söderberg et al., Nat Methods, 2006) har vi arbetat med att tillämpa metoden i ett flertal studier och arbetat med att ytterligare förbättra metoden, t.ex. för parallella analyser av proteiner, kombinerad analys av proteiner och mRNA och för detektion av protein-DNA-interaktioner. PLA färgningIn situ PLA kombinerar parvis inbindning av affinitetsreagens med kraftig signalförstärkning, genom att använda metoder för DNA-analys för att genera en signal. In situ PLA kan användas för att detektera proteiner, protein-proteininteraktioner eller post-translationella modifieringar av proteiner. Metoden är baserad på par av proximitetsprober (dvs antikroppar konjugerade till DNA-strängar) för att detektera proteiner av intresse. Endast om dessa prober binder till samma molekyl/proteinkomplex kan en amplifierbar DNA-molekyl skapas, genom ligering, vilket ger metoden dess höga selektivitet. Vi har också arbetat med att utveckla nya metoder, såsom närhetsberoende initiering av hybridiseringskedjereaktion (proxHCR) (Koos et al., Nat Commun, 2015). ProxHCR behåller det dubbla inbindningskravet från in situ PLA, men den har inga enzymatiska reaktioner. Metoden bygger helt på hybridisering av DNA-molekyler.  Våra pågående projekt är fokuserad på utvecklandet av metoder som kan ge en djupare förståelse av biokemiska processer i celler, samt för analyser av DNA och RNA.

Klaesson A, Grannas K, Ebai T, Heldin J, Zieba A, Koos B, Leino M, Raykova D, Oelrich J, Arngården L, Söderberg O* & Landegren U*  (*Shared senior authors)“Improved efficiency of in situ protein analysis by proximity ligation using UnFold probes”Sci Rep, 2018, 8(1):5400